Dominikanie przybyli do Krakowa z Bolonii w 1222. Sprowadził ich biskup Iwo Odrowąż, który oddał dominikanom kościół parafialny Św. Trójcy, przenosząc parafię do kościoła Mariackiego. W 1223 roku kościół został konsekrowany. W 1250 roku przystąpiono do budowy obecnej świątyni. Od około XV wieku kościół był wiele razy przebudowywany. Kres świetności kościoła położył straszliwy pożar w 1850 roku. Wypaliło się całe wnętrze z wyjątkiem niektórych kaplic, runęło sklepienie nawy. Natychmiast po pożarze przystąpiono do kompleksowej restauracji świątyni. 12 lat po zakończeniu odbudowy kościół konsekrowano.
Obecny kościół Dominikanów to ceglano-kamienna wysmukła trójnawowa bazylika w typie filarowo-skarpowym z wydłużonym prezbiterium, zamkniętym ścianą prostą. W kościele, obok ołtarza pochowany jest książę Leszek Czarny, zmarły w roku 1288.
Znajduje się tam też wiele kaplic: Lubomirskich, Myszkowskich, Św. Jacka, Zbaraskich, Św. Tomasza, Przeździerskich, Św. Józefa, Różańcowa, Małachowskich i Jezusa Ukrzyżowanego. Najbardziej godną uwagi jest kaplica Św. Jacka, o której można powiedzieć, że należy do najwybitniejszych dzieł sztuki w Polsce. W niej znajdują się szczątki świętego. W XVIII wieku ozdobił ją stiukami Baltazar Fontana, a polichromię wykonał Karol Dankwart. Znajdują się tam też sceny z życia św. Jacka namalowane przez Tomasza Dolabella.
Drugą ciekawą kaplicą jest kaplica Myszkowskich fundowana w roku 1614. Znajduje się ona jako ostatnia w bocznej, prawej nawie. Jest specyficzna i łatwa do rozpoznania, ponieważ można w niej zobaczyć galerię rodziny Myszkowskich. Są to rzeźbione postacie rodu wewnątrz kopuły. Tę kaplicę łatwo rozpoznać z zewnątrz, ponieważ jest ona udekorowana boniowaniem. Do budowy wykorzystano szlachetny srebrzystoczarny marmur, kolumny są w kolorze delikatnego, złamanego różu, a elegancję podkreślają białe stiuki.
Inną godną wspomnienia kaplicą jest kaplica Różańcowa, gdzie pochowano matkę i brata króla Jana III Sobieskiego, zwycięzcy spod Wiednia.
W prezbiterium kościoła znajduje się też brązowa płyta wybitnego humanisty Filipa Kallimacha zmarłego w 1496 roku, a wykonana według projektu Wita Stwosza.
