Świątynia w Owczarach została wzniesiona w 1653. Była to druga taka budowla na tym miejscu - pierwsza uległa zniszczeniu pod wpływem grząskiego gruntu. W 1701 dokonano całkowitej przebudowy prezbiterium cerkwi, w 1783 dobudowano wieżę (prace wykonali majstrowie Dimitr Dekowekin i Teodor Rusinka), zaś w 1870 poszerzono przedsionek, by osiągnął równą szerokość z nawą. W 1938 wykonano we wnętrzu polichromię. Po Akcji Wisła cerkiew przejęła parafia rzymskokatolicka, adaptując ją na kościół, lecz zachowując wezwanie, jakie nosiła. Po powrocie części wysiedlonych do wsi po 1956 w budynku okazjonalnie były odprawiane również nabożeństwa greckokatolickie. W latach 1983-1985 dokonano gruntownego remontu całości, w tym przywrócono pokrycie dachu gontem. Renowację tę Ministerstwo Kultury i Sztuki nagrodziło specjalnym wyróżnieniem. W 1995 cerkiew otrzymała nagrodę Prix Europa Nostra dla najlepiej utrzymanego obiektu zabytkowego. Począwszy od 1998 świątynia jest wspólną siedzibą parafii rzymsko- i greckokatolickiej.