Pierwsza wzmianka na jego temat pochodzi z roku 1253. Prawdopodobnie tu chrzczono pierwszych pogan przeobrażając ich w katolików. Klasztor norbertanek został ufundowany w latach 1212-1214. Kościółek św. Jana już wtedy istniał, gdyby było inaczej zakonnice z pewnością odnotowałyby fakt jego budowy, a w prowadzonych kronikach zakonnych nie ma na te temat żadnej wzmianki.
W 1453r. przeszedł przez Pomorze najazd husytów skierowanych przez Kazimierza Jagiellończyka przeciwko Krzyżakom. Kościół został przez nich podpalony i pozostawał w ruinie przez kolejne 200 lat. dopiero w 1604 roku ksiądz - zakonnik A. Wskrzyński doprowadził do tego, że podniesiono kościół św. Jana ze zniszczeń, zachowując stare fundamenty i część wschodniego szczytu. Od tego czasu parafianie traktowali kościół jako kościół grzebalny. Zmarłych chowano także w bezpośrednim sąsiedztwie świątyni.
Pierwszy rozbiór Polski przyniósł kasatę zakonu norbertanek (rok 1834). Kościół, który do tej pory służył mniszkom zaczął służyć całej ludności co pociągnęło za sobą spadek znaczenia "Kościółka na górze", który formalnie został filialnym dla dawnego zakonnego.
Podczas II wojny światowej kościół św. Jana Chrzciciela został tak zniszczony, że przez całe dziesięciolecia stał opuszczony. Dopiero proboszcz Jan Pliszka z dolnego poklasztornego kościoła potrafił przekonać parafian do renowacji zapomnianej świątyni, która zaczęła funkcjonować w roku 1979.
Wewnętrzny wystrój świątyni składa się z barokowego ołtarza z obrazem "Narodziny Najświętszej Marii Panny", "Chrzest Pana Jezusa", "Głowa Jana Chrzciciela", dwa późnobarokowe ołtarze boczne, ambona z przełomu XVIII i XIX w., rzeźby z XVII w. "Chrystus Ukrzyżowany", "Najświętsza Maria Panna", "św. Maria Magdalena". Ponadto są tam obrazy z XVII w. "Zdjęcie z Krzyża", "Ukrzyżowanie", "św. Paweł" rzeźba z XVII w "Matka Boska z Dzieciątkiem". Do pamiątek klasztornych należy także kaplica św. Jana Nepomucena. Zbudowana z cegły w 1754 r. znajduje się na obecnym cmentarzu. Jest jednonawowa, posiada prezbiterium i od zachodu czteroboczną wieżyczkę. Wyposażenie pochodzi z końca XVII w, znajdują się tam dwie rzeźby przedstawiające św. Jana Nepomucena, wykute z kamienia w 1752 r. i umieszczone od zewnętrznej strony prezbiterium. Kaplicę pobudowano na pamiątkę, sióstr zakonnych Zamordowanych przez Prusaków w 1224 r. U wejścia na cmentarz stoi "Pięta" z I połowy XIX w.
żródło:http://kartuzy.info/katalog,wpis,2210,Kosciol-pod-wezwaniem-sw-Jana-Chrzciciela-w-Zukowie.html
