Początki Muzeum Śląskiego sięgają 1924 roku, kiedy powołano Towarzystwo Muzeum Ziemi Śląskiej. Jego zadaniem było gromadzenie pamiątek kultury materialnej i duchowej wytworzonych na Śląsku. Formalnie, ustawą Sejmu Śląskiego, Muzeum Śląskie powołano 23 stycznia 1929 roku, a już w maju tego samego roku udostępniono pierwsze wystawy. Zabytki były eksponowane na piątym piętrze gmachu Urzędu Wojewódzkiego i Sejmu Śląskiego. Pierwszym dyrektorem Muzeum Śląskiego został Tadeusz Dobrowolski, organizator oraz autor koncepcji programowej instytucji. Dobrowolski rozpoczął gromadzenie pierwszych eksponatów: stroi ludowych, wyrobów rzemiosła artystycznego, obrazów oraz kolekcji sztuki sakralnej.
W 1936 roku rozpoczęto budowę jednego z najnowocześniejszych w ówczesnej Europie gmachu nowego muzeum. Autorem koncepcji architektonicznej był Karol Schayer. Prace budowlane zakończono w 1939 roku, jednak budynek nie doczekał się oficjalnego otwarcia. Wraz z wybuchem II wojny światowej hitlerowcy rozpoczęli rozbiórkę gmachu – symbolu polskości. Zniszczeniu oraz grabieży uległa także znaczna część zbiorów. Ocalałe obiekty przewieziono do Landesmuseum w Bytomiu, obecnie Muzeum Górnośląskiego.
Swojej restytucji Muzeum Śląskie doczekało się w grudniu 1984 roku. Na tymczasową siedzibę wybrano położony w centrum Katowic przy al. W. Korfantego 3 budynek dawnego hotelu z przełomu XIX i XX wieku, a na stanowisko dyrektora powołano dr. Lecha Szarańca Początkowo pracowano w jednym pokoju na III piętrze. Adaptacja czteropiętrowego gmachu trwała do 1992 roku, kiedy udostępniono ostatnie sale ekspozycyjne.
Po restytucji w 1984 roku wróciła do Muzeum Śląskiego także z Muzeum Górnośląskiego w Bytomiu część przedwojennych zbiorów placówki, w tym najcenniejsza kolekcja obrazów polskiego malarstwa dawnego, dziś eksponowana na stałej wystawie „Galeria Malarstwa Polskiego 1800-1945”.
Do dziś w muzeum zgromadzono ponad 109 tys. eksponatów z różnych dziedzin sztuki, a także archeologii, etnografii, historii i fotografii oraz plastyki nieprofesjonalnej. W 1991 roku utworzono Oddział Muzeum Śląskiego - Centrum Scenografii Polskiej (Katowice, pl. Sejmu Śląskiego 2), nie mające odpowiednika w muzealnictwie polskim, które w swoich zbiorach posiada projekty dekoracji oraz kostiumów teatralnych, makiety, rekwizyty, lalki, a także kostiumy z najgłośniejszych inscenizacji ostatniego pięćdziesięciolecia. Od 2008 roku Muzeum Śląskim kieruje dyrektor Leszek Jodliński.
Już w dwa lata po restytucji muzeum, w 1986 roku, ogłoszono także i rozstrzygnięto ogólnopolski konkurs realizacyjny SARP na nowy budynek. Jego laureatem został warszawski architekt Jan Fiszer. Miejsce pod budowę - działkę w rejonie ulic Wita Stwosza, Ceglanej, Tadeusza Kościuszki i alei Górnośląskiej w Katowicach – otrzymano jednak dopiero w 2002 roku.
Niespełna rok później pojawił się jednak zupełnie nowy pomysł - zaadaptowania na potrzeby muzeum terenu dawnej kopalni węgla kamiennego „Katowice”, wraz z jej wybranymi postindustrialnymi zabudowaniami. Otwarcie nowego budynku, który zostanie wybudowany pod powierzchnią ziemi, zaplanowano na rok 2013.